清涼月老師的學科體系以東方傳統文化實證研究為基礎，融合現代科學思維，構建了獨特的理論框架與實踐方法論。

其核心內容可概括如下：

一、學科定位與基礎‌儒釋道實證融合‌以佛學實證突破為核心，整合道家修煉體系與儒家心性學說，通過科學研究的手段，形成貫通性實證理論‌。

依託傳統氣功、中醫基礎，結合現代心理學和物理學研究成果，建立跨維度實證架構‌。‌
科學化理論建構‌ 提出“科學實證”方法論，通過《思維現象基礎研究》等著作，將傳統修行經驗轉化為可驗證的現代學科體系‌。強調對思維本質、物質形態、時間概念等基礎命題的系統解構‌。

二、核心理論框架‌ 區分“現象”與“本質”認知路徑，主張通過實證突破感官局限：‌

現象層‌：採用西方科學分析法研究物質形態特徵‌本質層‌：
運用東方實證法探索意識本源‌‌思維狀態演變論‌ 揭示從“如來藏”到“當前思維狀態”的演化規律，提出通過實證回歸根本意識狀態（即“唯我獨尊”境界）的轉化路徑‌。
建立包括散亂、專注、昏沉等思維狀態的分析方法。

三、方法論創新‌實證技術體系‌開發“跟的思想”“選擇性思維調控”等實踐方法，系統解決傳統修行中的境界退失問題‌。
結合現代作息規律研究，形成可量化的實證進度評估標準‌。

四、課程架構設置14節理論課程，涵蓋：實證學基礎原理‌、心物一體認知‌、時間本質解構‌、不同維度時空轉換方法‌。通過《科學實證》等教材，將傳統修行轉化為包含“條件論”“方法論”“結果驗證”的完整教學系統‌.